Работата на Клиниката е организирана во оддели и отсеци.
Во тек е реорганизација на работењето на Клиниката. Се планира формирање на следните оддели и отсеци:
- Оддел за анестезија во пластична хирургија
- Оддел за реконструктивна хирургија
- Отсек за реконструктивна хирургија за глава и врат
- Оддел за конгенитални аномалии
- Оддел за микрохирургија
- Оддел за опекотини и нивни секвели
- Оддел за хирургија на шака
- Оддел за туморска хирургија
- Оддел за естетска хирургија
- Отсек за дојка и реконструкција на дојка
- Отсек за липосукција
- Оддел за амбулантско-поликлинична дејност
- Отсек асептична сала
- Отсек дневна болница
- Отсек за физикална терапија и рехабилитација
- Оддел за оперативен блок
- Отсек за пост оперативен третман
- Оддел за експериментална медицина
- Оддел Хипербарна комора