Структура на организацијата
Работата на Клиниката е организирана во оддели и отсеци.
 
Во тек е реорганизација на работењето на Клиниката. Се планира формирање на следните оддели и отсеци:
  1. Оддел за анестезија во пластична хирургија
  2. Оддел за реконструктивна хирургија
    • Отсек за реконструктивна хирургија за глава и врат
  3. Оддел за конгенитални аномалии
  4. Оддел за микрохирургија
    • Отсек за мирохирургија
  5. Оддел за опекотини и нивни секвели
  6. Оддел за хирургија на шака
  7. Оддел за туморска хирургија
    • Отсек за малигноми
  8. Оддел за естетска хирургија
    • Отсек за дојка и реконструкција на дојка
    • Отсек за липосукција
  9. Оддел за амбулантско-поликлинична дејност
    • Отсек асептична сала
    • Отсек дневна болница
    • Отсек за физикална терапија и рехабилитација
  10. Оддел за оперативен блок
    • Отсек за пост оперативен третман
  11. Оддел за експериментална медицина
  12. Оддел Хипербарна комора
 
Раководен орган
Директор Д-р. сци д-р. Смиља Туџарова - Ѓоргова

Орган на управување
Управен одбор од 7 члена
  • Претседател: Д-р спец. Јасмина Јовчевска
  • Внатрешни членови: Д-р спец. Тренчев Виктор (зам. претседател), м.с. Трајановска Даниела - вработени на Клиниката, одбрани на стручен колегиум;
  • Надворешни членови: (претставници на државниот капитал поставени со одлука на Владата на РМ): Г-ѓа Габриела Димитриева, Г-дин Александар Стојковски, Г-дин Стојанче Јовчевски, Г-ѓа Фазлии Марку